Üçüncü Ön Eleme Turu: 30 Temmuz - 6 Ağustos 2009 (70 Katılımcı)
40: UEFA Avrupa Ligi 2. Ön Eleme Turundan gelenler
12: UEFA Sıralaması'nda 18 ila 29. basamak arasındaki ülkelerin yerel kupa sahipleri.
3: UEFA Sıralaması'nda 16 ila 18. basamak arasındaki ülkelerin yerel lig ikincileri.
6: UEFA Sıralaması'nda 10 ila 15. basamak arasındaki ülkelerin yerel lig üçüncüleri.
3: UEFA Sıralaması'nda 7 ila 9. basamak arasındaki ülkelerin yerel lig dördüncüleri.
3: UEFA Sıralaması'nda 4 ila 6. basamak arasındaki ülkelerin yerel lig beşincileri.
3: UEFA Sıralaması'nda 1 ila 3. basamak arasındaki ülkelerin yerel lig altıncıları.

Fenerbahçe, Uefa Avrupa Ligi 3. ön eleme turundan mücadeleye başlayacak

Galatasaray 2. turdaki rakibini eleyerek yoluna bu turdan devam edecek.

Fenerbahçe (Türkiye) - Honved FC (Macaristan)
Galatasaray (Türkiye) - Maccabi Netanya (İsrail)
FK Sarajevo (Bosna) - Helsingborgs (İsveç)
Fredrikstad FK (Norveç - KKS Lech Poznan (Polonya)
HNK Rijeka (Hırvatistan) - FC Metalist Kharkiv (Ukrayna)
KAA Gent (Belçika) - AS Roma (İtalya)
SC Vaslui (Romanya) - AC Omonia (Kıbrıs Rum Kesimi)
FK Slavija Sarajevo (Bosna) - MFK Košice (Slovakya)
IFK Göteborg (İsveç) - Hapoel Tel-Aviv FC (İsrail)
PSV Eindhoven (Hollanda) - PFC Cherno More Varna (Bulgaristan)
FC Metalurh Donetsk (Ukrayna) - NK IB Ljubljana (Slovenya)
Valerenga Fotball (Norveç) - PAOK FC (Yunanistan)
APOP/Kinyras Peyias FC (Kıbrıs Rum Kesimi) - SK Rapid Wien (Avusturya)
FC Honka Espoo (Finlandiya) - FK Karabağ (Azerbaycan)
FC Vaduz (Liechtenstein) - FC Slovan Liberec (Çek Cumhuriyeti)
Saint Patrick's Athletic FC (İrlanda) - PFC Krylya Sovetov Samara (Rusya)
Randers FC (Danimarka) - Hamburger SV (Almanya)
Tromsö IL (Norveç) - NK Slaven Koprivnica (Hırvatistan)
Brøndby IF (Danimarka) - Legia Varşova (Polonya)
FK Vojvodina (Sırbistan) - FK Austria Wien (Avusturya)
CSKA Sofia (Bulgaristan) - Derry City FC (İrlanda)
FC Steaua Bükreş (Romanya) - Motherwell FC (İskoçya)
MSK Zilina (Slovakya) - Hajduk Split (Hırvatistan)
SC Braga (Portekiz) - IF Elfsborg (İsveç)
Aberdeen FC (İskoçya) - SK Sigma Olomouc (Çek Cumhuriyeti)
FK Rabotnicki (Makedonya) - Odense BK (Danimarka)
FK Sevojno (Sırbistan) - LOSC Lille (Fransa)
FK Petrovac (Karadağ) - SK Sturm Graz (Avusturya)
Bnei Yehuda (İsrail) - FC Paços de Ferreira (Portekiz)
Club Brugge (Belçika) - FC Lahti (Finlandiya)
Athletic Club Bilbao (İspanya) - Young Boys (İsviçre)
KR Reykjavík (İzlanda) - FC Basel (İsviçre)
FC Dinamo Tiflis (Gürcistan) - FK Crvena Zvezda (Sırbistan)
KSP Polonia Varşova (Polonya) - NAC Breda (Hollanda)
FK Vėtra (Litvanya) - Fulham (İngiltere)